Die Leitung der Allianz erfolgt durch den wissenschaftlich-strategischen Lenkungskreis. Um die heterogenen Partner möglichst ganzheitlich und repräsentativ abzubilden, wurden 12 Vertreter aus Großunternehmen, kleinen und mittelständischen Unternehmen, Universitäten und Forschungsinstituten benannt.
Für die paritätische Verteilung spielten des Weiteren Kriterien, wie die Besetzung der Bedarfsfelder und Querschnittsaufgaben sowie der Standort der Organisation in den neuen oder alten Bundesländern eine Rolle. Die Mitglieder des wissenschaftlich-strategischen Lenkungskreises wurden auf der Mitgliederversammlung vorgeschlagen und bestätigt. Als Vorsitzender und Allianzsprecher wurde Prof. Dr. Andreas Tünnermann benannt.